Die Breslauer Dominsel prägte die Jugendjahre des auf ihr geborenen F. X. Seppelt, sein Vater war Rektor der Domschule. Nach dem 1902 auf dem St. Matthias-Gymnasium bestandenen Abitur studierte er an der Katholisch-Theologischen Fakultät seiner Heimatstadt. Er empfing am 23. Juni 1906 von Georg Kardinal Kopp die Priesterweihe. Schon als Gymnasiast und Student interessierte er sich für die Kirchengeschichte, deren Erforschung seine Lebensaufgabe werden sollte. Am 30. Oktober l907 promovierte er zum Dr. theol. mit der Dissertation „Der Kampf der Bettelorden an der Universität Paris in der Mitte des 13. Jahrhunderts“, die er während seines Münchener Studienaufenthaltes 1906/07 fertiggestellt hat. Die Kaplansjahre in Neisse (1907-09) führten ihn in die Hauptstadt des mittelalterlichen Breslauer Bistumlandes mit ihren reichen historischen Reminiszenzen. In Rom bereitete er 1909/10 seine Habilitationsschrift „Studien zum Pontifikat Cölestins V.“ vor. Seit 1910 Breslauer Privatdozent, wurde er 1915 Extraordinarius, 1920 ordentlicher Professor für Kirchengeschichte des Mittelalters und der Neuzeit.
Durch zahlreiche Veröffentlichungen klärte er Probleme der schlesischen Kirchengeschichte, u. a. „Die Breslauer Diözesansynode vom Jahre 1446“ (1912), „Kardinal Georg Kopp, Fürstbischof von Breslau, sein Leben und Wirken“ (1916), „Melchior von Diepenbrock“ (1922) und vor allem seine zusammenfassende Darstellung „Geschichte des Bistums Breslau“ (Realhandbuch des Bistums Breslau, Teil l, 1929). Er wurde Mitbegründer und schließlich Vorsitzender der „Historischen Kommission für Schlesien“. Als Seppelt am 25. Juli 1925 Breslauer Domkapitular wurde, fielen ihm neue Aufgaben zu. Er wurde Prosynodalrichter im Konsistorium, Prosynodalexaminator, Kurator der Johannes-Hospital-Stiftung und magister fabricae der Breslauer Kathedrale, er setzte sich für ihre Erhaltung und die Restauration ihres Inneren ein. Politische Ämter kamen auf ihn zu bereits 1919 als Mitglied des Breslauer Stadtparlamentes, 1925 als Vorsitzender der Breslauer Zentrumsfraktion, 1929 als Vorsitzender der Zentrumsfraktion des Provinziallandtages und 1929-1933 als Mitglied des Preußischen Staatsrates.
Als 1933 das nationalsozialistische Regime seinem politischen Engagement ein Ende bereitete, konzentrierte er sich neben den Vorlesungen auf seine wissenschaftlichen Publikationen mit dem Schwergewicht der Erforschung des Papsttums. Nach der kurzgefaßten „Papstgeschichte von den Anfängen bis zur französischen Revolution“ (1921) und der „Papstgeschichte von den Anfängen bis zur Gegenwart“, die 1949 in fünfter Auflage reich illustriert vorlag, begann er seine auf sechs Bände berechnete „Geschichte des Papsttums“, von denen 1931 bis 1941 vier Bände in Leipzig erschienen. Seine ausgewogene Darstellung, die Licht- und Schattenseiten berücksichtigte, fand internationale Anerkennung. Papst Pius XII. ernannte ihn am 28. Dezember 1943 zum Päpstlichen Hausprälaten. Der Ausgang des Zweiten Weltkrieges beendete jäh seine Breslauer akademische Tätigkeit. Seppelt wurde in der Nacht vom 14. zum 15. Februar 1946 von polnischen Milizsoldaten schwer mißhandelt und am 25. April aus Breslau ausgewiesen. Er fand in der Theologischen Fakultät der Münchener Universität eine neue Wirkungsstätte, wo er vom Sommer-Semester 1946 bis zu seiner Emeritierung am 1. April 1952 Kirchengeschichte lehrte. Neben der Broschüre „Das Bistum Breslau im Wandel der Jahrhunderte“ (1948) und Vorträgen über Themen der schlesischen Kirchengeschichte im Dienste der Heimatvertriebenen arbeitete er trotz starker Sehbehinderung und fortschreitender Erblindung am dritten Band seiner „Geschichte des Papsttums“ und an der Neuauflage der anderen Bände, die sein Schüler und Nachfolger Georg Schwaiger 1954-1959 vollendete. Anlässlich seines 70. Geburtstages erhielt er das Große Verdienstkreuz. Am 23. Juni 1956 feierte er im kleinen Kreis sein goldenes Priesterjubiläum, vier Wochen später starb er an Herz- und Kreislaufbeschwerden. Seine sterblichen Überreste ruhen auf dem Münchener Waldfriedhof. Seppelt gehört zu den namhaften Kirchenhistorikern der ersten Hälfte des 20. Jahrhunderts. Kritische Analysen und die Kraft zur Synthese, Wahrheitsliebe und klares Urteil verliehen seinen Vorlesungen und Veröffentlichungen Sachlichkeit und Zuverlässigkeit, die seine Kollegen und Schüler zu schätzen wußten. Durch seine Beiträge für die schlesische Kirchengeschichte, deren Ertrag sich auch in seiner Papstgeschichte widerspiegelt, hat er sich bleibende Verdienste um die Erhaltung und Vertiefung des Kulturgutes des deutschen Ostens erworben.
Werke: R. Samulski, Die Veröffentlichungen von F. X. S., in Studien zur historischen Theologie. Festgabe für F. X. S., hrsg. v. W. Dürig und B.Panzram, München 1953, S. 213-220.
Lit. (Auswahl): H. Jedin, Zum 70. Geburtstage von F.X.S. in: Archiv für schles. Kirchengeschichte 10 (1952) S. 1-9; H. Tüchle, F.X.S., Gedenkrede in: Münchener Theologische Zeitschrift 8 (1957) S. 46-48; J. Negwer, Erinnerungen an F. X. Seppelt, in: Archiv für schles. Kirchengeschichte 23 (1965) S.175-189; B. Panzram, F. X. S., Leben und Werk, ebd. 25 (1967) S. 274-297; ders., F.X.S., in: Schlesier des 15. bis 20. Jahrhunderts (Schles. Lebensbilder, Bd. 5) Würzburg 1968, S. 215-227.