Bauer stammt aus der Mährische Walachei, wo er in Hrachowetz (Hrachovec), einem Dorf der Pfarrei Walachisch Meseritsch (Valašské Mezeřičí) geboren wurde. Das Gymnasium absolvierte er bei den Piaristen in Kremsier (Kroměříž) und das Studium der Philosophie und Theologie an der Theologischen Fakultät in Olmütz. Nach der Priesterweihe im Olmützer Wenzelsdom im Millenniumsjahr der Ankunft der Slawenapostel Cyrill und Method in Mähren1863 war er Kaplan in Wischau (Vyškov), dem Hauptort der Wischauer Sprachinsel, ehe er Adjunkt an der Theologischen Fakultät wurde und zum Doktor der Theologie promovierte. Dann war er Professor für Bibelstudium und seit 1873 Professor für Neues Testament an der Karlsuniversität in Prag. Dort lehrte er zehn Jahre und war 1875 Dekan sowie 1879 Rektor des erzbischöflichen Priesterseminares, ehe ihn am 30. April 1882 Kaiser Franz Joseph zum Bischof der 1777 gegründeten Diözese Brünn ernannte.
Als Bischof unterstützte er die katholischen Presseinstitutionen in seiner Diözese, förderte intensiv die Arbeiter- und Gesellenvereine, die in Mähren bereits auf einer Tradition vor dem Gesellenvater Adolph Kolping fußten, und bemühte sich, den kirchlichen Einfluss im Schulwesen zu stärken.
Er konnte auf 22 erfolgreiche Jahre als Bischof zurückblicken, als ihn der Heilige Stuhl 1904 zum Erzbischof von Olmütz bestimmte. Da dort der bisherige Erzbischof Theodor Kohn nach Misshelligkeiten, heftigen Widerständen und massiven Druck „freiwillig“ resignieren musste, hatte das Olmützer Domkapitel für diese Ernennung das Wahlrecht verloren, das es sonst hatte. „Durch reiche Erfahrung, persönliche Güte und große Begabung gelang es ihm bald, die schwierige Lage in der Olmützer Erzdiözese allmählich zu beruhigen“, schreibt der Kirchenhistoriker und letzte deutsche Domherr von Olmütz, Josef Matzke, über ihn. Papst Pius V. erhob ihn 1911 zum Kardinal und verlieh ihm die Titelkirche San Girolamo degli Schiavoni (heute degli Croati).
Als Fürsterzbischof war Bauer auch Mitglied in der Kammer des Herrenhauses in Wien und ebenso hatte er eine Virilstimme im mährischen Landtag in Brünn. Wie schon in Brünn entwickelte Erzbischof Bauer auch im Erzbistum Olmütz eine rege Bautätigkeit. Als das erzbischöfliche Gymnasium im Knabenseminar Kremsier das Öffentlichkeitsrecht erhielt, veranlasste er einen repräsentativen Neubau. Auch das Priesterseminar in Olmütz erhielt einen großen Anbau für Räumen für eine Bibliothek, für Konferenzzimmer, eine Kapelle und einen Turnsaal und die erzbischöfliche Residenz bekam eine der Zeit angepasste Fassade, das erzbischöfliche Konsistorium ein neues Gebäude.
Für den 1860 seliggesprochenen Martyrer Johannes Sarkander wurde an der Stelle seines Martyriums die heutige Kapelle errichtet und daneben der Komplex des Sarkandrinums, in dem Priester und die Kirchendiener der nahe gelegenen Kirche St. Michael wohnen konnten.
Wie Papst Pius X. bekämpfte auch Bauer den Modernismus jener Zeit. Der Kardinal starb während des Ersten Weltkrieges am 25. November 1915 in Olmütz. Sein Grab ist in dem von Kardinal Fürstenberg erbauten Dom in Olmütz.
Lit.: Josef Matzke, Die Olmützer Erzbischöfe, Esslingen 1978. – Aleš Zelenka, Die Wappen der böhmischen und mährischen Bischöfe, Regensburg 1979.
Bild: Porträt von Jan Vilimek 1884.
Rudolf Grulich, 2017