Der als Sohn eines aus Tilsit gebürtigen Kaufmanns in Riga geborene Zoologe verließ das Baltikum bereits im Alter von elf Jahren. Er besuchte das St.-Johannis-Gymnasium in Breslau, studierte Zoologie an den Universitäten Bonn, Leipzig und Freiburg und promovierte im Jahre 1900 zum Dr. phil. Er wurde (1899) Assistent am Zoologischen Institut der Universität Freiburg i. Br. und war von 1902-1913 Privatdozent, anschließend dort außerordentlicher Professor der Zoologie. Im Jahre 1912 gründete er eine Vogelschutzstelle im Möslerwald. Guenther gehört zu den Mitbegründern des Naturschutzes. Er war von 1918-1933 Leiter des Städtischen Museums für Naturkunde in Freiburg und unternahm zahlreiche Forschungsreisen, die ihn nach Ceylon, Ägypten, Brasilien, Palästina, Syrien und Mesopotamien sowie in die Hohe Tatra führten. In Argentinien begründete er (1924) die biologische Schädlingsbekämpfung in den Tropen. Zu seinen Veröffentlichungen gehören „Tierleben unserer Heimat“ (1923), „Sprache der Natur seit der Vorzeit unseres Volkes“ (21933), „Ein Leben mit der Natur – Kinderzeit im Baltenlande, Schulzeit in Breslau“ (1937) und ein „Naturbuch vom Schwarzwald“ (21954).
