1894 wurde er Privatdozent in München. Er wirkte als Professor in Freiburg, Frankfurt, Köln und Heidelberg und war Mitglied der Akademien der Wissenschaften in Wien, München und Heidelberg, letzterer stand er als Präsident vor. „Auf ihn gehen die wichtigsten Ergebnisse auf dem Gebiet der Erforschung der Märchengestalten als Typen zurück. Er erhob die Forderung nach besseren Bildungsstätten und Erwachsenenbildung.“ (Zischka: Gelehrtenlexikon). 1912 zählte er zu den Mitbegründern des deutschen Germanistenverbandes. In seinen wissenschaftlichen Arbeiten beschäftigte er sich vor allem mit den Heldensagen, Märchen, Volkskunde, mittelhochdeutscher Literatur und mittelalterlicher deutscher Epik. Beachtung fand sein Werk über das Nibelungenlied, das er als Werk eines deutschen Dichters aus dem Passauer Raum um 1200 fixierte. Panzer war Herausgeber älterer deutscher Literaturwerke, der Kinder- und Hausmärchen der Brüder Grimm in der Fassung der Werke Scheffels u.a. Er war Redakteur und Herausgeber der „Zeitschrift für Deutschkunde“, der „Deutschen Forschungen“ und der „Zeitschrift für Deutschunterricht“. Drei Festschriften ehrten den Germanisten.
