Geboren als Sohn eines Chirurgen, sollte Johannes Voigt den Beruf des Vaters erlernen. Nach privater Unterrichtung in Latein bezog er im Jahre 1800 das Gymnasium zu Meiningen. Nach Abschluß der Gymnasialausbildung bezog er 1806 die Universität Jena, wo er sich allerdings dem Studium der Theologie widmete. Die Schlacht bei Jena am 14.10.1806 bedeutete eine Unterbrechung seiner Studien. Neben theologischen hörte Voigt historische und philologische Vorlesungen. 1808 bestand er sein theologisches Examen, doch nahm er keine Pfarrstelle an, sondern setzte seine Geschichtsstudien in Jena fort. 1809 wurde Voigt die Stelle eines Lehrers am Pädagogium in Halle angeboten. Nachdem er am 13. Oktober 1809 in Jena mit einer Arbeit über Theokrit zum Doktor der Philosophie promoviert worden war, ging er nach Halle. Dort beschäftigte er sich, soweit seine Unterrichtsverpflichtungen Zeit dazu ließen, mit mittelalterlicher Geschichte. Am 21. April 1812 habilitierte er sich an der Universität Halle mit einer biographischen Arbeit über Gregor VII.; sie erschien 1815 im Druck. Ihre Qualität geht daraus hervor, daß sie in Wien nachgedruckt wurde, eine zweite Auflage erlebte und ins Französische und Englische übersetzt wurde. Um der Doppelbelastung zu entgehen, die sich aus seinen Unterrichts- und Lehrverpflichtungen seit der Habilitation ergaben, bewarb Voigt sich 1816 um die vakant gewordene Professur für historische Hilfswissenschaften an der Universität Königsberg, zunächst jedoch vergeblich. Ein Jahr später, 1817, wurde er nach Königsberg berufen.
In Königsberg hat Voigt bis zu seinem Lebensende als akademischer Lehrer gewirkt; gleichzeitig war er dort Direktor des Geheimen Archivs. Er hielt Vorlesungen über Universalgeschichte, Geschichte des Mittelalters und der neueren Zeit, Geschichte Preußens und der Kreuzzüge sowie über Diplomatik. Von seiner ursprünglichen Absicht, eine Geschichte der Hohenstaufen zu schreiben, nahm er in Königsberg Abstand. Demgegenüber begann er, sich mit der Geschichte des Deutschen Ritterordens zu beschäftigen. Im Jahre 1824 legte er seine„Geschichte Marienburgs, Stadt und des Haupthauses des Deutschen Ritterordens in Preußen“ vor. Noch während er mit der Abfassung der Geschichte Marienburgs beschäftigt war, reifte in ihm der Entschluß, eine „Geschichte Preußens von den ältesten Zeiten bis zum Untergang der Herrschaft des Deutschen Ordens 1525“ zu verfassen. Die erschien in 9 Bänden während der Jahre von 1827 bis 1838. Körperliche Leiden sowie der Tod von drei seiner Söhne im Säuglingsalter ließen die Abfassung größerer Arbeiten in den folgenden Jahren nicht zu. Daher erschien erst zwischen 1857 und 1859 sein zweibändiges Werk „Geschichte des deutschen Ritterordens in seinen 12 Balleien in Deutschland“. Hinzuweisen gilt es darauf, daß Voigt trotz seiner körperlichen und seelischen Leiden seit 1836 einen Codex diplomaticus Preußens, eine Sammlung von Urkunden zur älteren Geschichte Preußens, edierte, ferner eine Anzahl von Aufsätzen. Johannes Voigt, der seit 1854 als Vertreter der Universität Königsberg Mitglied des preußischen Herrenhauses war, starb am 23. September 1863 zu Königsberg. Hingewiesen sei abschließend darauf, daß der bedeutende Historiker Voigt Joseph von Eichendorff zu seinen Freunden zählte.
Werke (Auswahl): Hildebrand als Papst Gregor VII. und sein Zeitalter, 1815; Geschichte des Lombardenbundes und seines Kampfes mit Kaiser Friedrich I, 1818; Geschichte Marienburgs, der Stadt und des Haupthauses des deutschen Ritter-Ordens in Preußen, 1824; Geschichte Preußens, von den ältesten Zeiten bis zum Untergange der Herrschaft des deutschen Ordens, 9 Bde., 1827ff; Codex diplomaticus Prussicus. Urkunden-Sammlung zur altern Geschichte Preußens aus dem Königl. Geheimen Archiv zu Königsberg, 6 Bde., 1836-1861; Briefwechsel der berühmtesten Gelehrten des Zeitalters der Reformation mit Herzog Albrecht von Preußen, 1841; Geschichte des sogenannten Tugend-Bundes oder des sittlich-wissenschaftlichen Vereins. Nach den Original-Akten, 1850; Markgraf Albrecht Alcibiades von Brandenburg-Kulmbach, 1852; Geschichte des Deutschen Ritter-Ordens in seinen zwölf Balleien in Deutschland, 1859; Blicke in das kunst- und gewerbreiche Leben der Stadt Nürnberg im 16. Jahrhundert (mit Abriß einer Autobiographie), 1861; Die Erwerbung der Neumark, Ziel und Erfolg der Brandenburgischen Politik 1402-1457, 1863.
